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Existe constancia de cultos mozárabes en la actual ubicación del monasterio desde antes del siglo XI en plena dominación islámica.
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En el siglo XIII existía una ermita adosada a una torre defensiva ocupada por monjes agustinos, que fue mandada construir por el rey Alfonso X el Sabio.
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En 1541, el papa Pablo III reconoce la santidad de San Ginés de la Jara y establece oficios religiosos en torno a la celebración de San Ginés de la Jara el 25 de agosto.
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El monasterio actual fue levantado por la orden franciscana en el siglo XVI bajo el patronazgo del marquesado de los Vélez. De esta época data la fachada principal en la que se encuentran los escudos de los mencionados franciscanos y de los Vélez.
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Exceptuando la fachada renacentista, la configuración actual del convento se debe a una reconstrucción total realizada en el siglo XVII. En esta centuria se construyó la actual iglesia de una sola nave y seis capillas laterales (tres a cada lado) con un retablo de perspectiva fingida sobre el altar mayor. Tiene un coro (en la actualidad desplomado) sobre los pies de la iglesia sobre los que se situaba un órgano barroco.
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El monasterio contaba también con un claustro, muy modificado por una reforma realizada en el siglo XIX, una torre, varias ermitas esparcidas por el monte cercano y algunas edificaciones anexas.
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Como un oasis de verdor en el árido Campo de Cartagena se extendía alrededor del monasterio un fértil y frondoso huerto y jardines muy celebrados por el escritor Francisco Cascales quien visitó el monasterio en el siglo XVI:
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(...) con dos copiosas fuentes que llenan una grande alberca: de aquí salen regueras guiadas por diversos caminos a todas las partes de él, con que se baña a menudo la óptima tierra y se engendra la inmensa fertilidad de árboles, yedras y flores... Aquí hay calles de naranjos..verdes arrayanes, idumeas palmas, altísimos pinos donceles preñados de su fruta dura, encumbrados cipreses... Ceres trocó en menudo trigo, lentiscos humildes y olorosos sabucos, y entre ellos, diversas flores por los márgenes sembradas, deleitando con su verdura y enamorando con sus olores...